Struktura

Nejvyšším řídícím orgánem asociace, který rozhoduje o jejím strategickém směřování, je valná hromada (General Assembly). Ta je tvořena zástupci členských společností, obvykle generálními řediteli pro Českou republiku nebo například pro střední Evropu. 
 
Výkonným orgánem AIFP je představenstvo (Board), které se setkává dvakrát měsíčně a rozhoduje o všech záležitostech asociace, pokud v souladu se stanovami AIFP nespadají do výkonu valné hromady. Členové představenstva jsou voleni valnou hromadou. 
 
Činnost asociace zajištuje výkonný tým (Executive Team) v čele s výkonným ředitelem, který zastupuje AIFP navenek. Asociace zahrnuje také dva kontrolní orgány - Kontrolní komisi (Audit Committee) a Etickou komisi (Ethics Committee). 
 
Na neutrální půdě AIFP se schází pět expertních pracovních skupin a deset platforem (Working groups; Platforms) složených ze zástupců členských společností. Nominovaní odborníci se v nich věnují specifickým oblastem, jež jsou nějakým způsobem provázány s hlavními cíli a hodnotami asociace. 
 
Kompletní strukturu Asociace inovativního farmaceutického průmyslu zachycuje organogram. Znázorňuje i projekty a iniciativy AIFP věnované pacientům, odborné veřejnosti, farmaceutickému průmyslu i široké veřejnosti. Pro příklad jmenujme bezplatnou online poradnu o lékových interakcích (Znám své léky), Akademii pacientských organizací (APO), školení zaměstnanců farmaceutických firem (Certifikace reprezentantů a Farmakovigilanční školení) nebo projekt Transparentní spolupráce podporující etické hodnoty ve farmaceutickém průmyslu.