Na fungování AIFP dohlížejí dva kontrolní orgány - Etická komise a Kontrolní komise.
Etická komise kontroluje dodržování Etického kodexu (link), Pacientského kodexu (link), kodexu Transparentní spolupráce a dalších norem AIFP. Pravidelně kontroluje neintervenční klinické studie zadávané členskými společnostmi, zda jsou při jejich realizaci dodržovány všechny náležitosti.
Aktuálně má Etická komise 13 členů. V jejím čele stojí Mgr. Patrik Kastner.
Předseda Etické komise: Mgr. Patrik Kastner
Členové: